Namočen Motegi je poskrbel za nepredvidljiv razplet kvalifikacij.
V deževnem Motegiju je najboljšo taktiko ubral Johann Zarco in si privozil svoj drugi najboljši štartni položaj to sezono. Drugo mesto je osvojil odlični Danilo Petrucci. Prvo štartno vrsto pa je dopolnil Marc Marquez, ki je rahlo pokvaril svoje kvalifikacije z odločitvijo, da se bo peljal na gumah za suho stezo, čeprav razmere za to še niso bile primerne. Aleix Espargaro je za las zgrešil tretje mesto in bo dirko začel četrti, v družbi petega Jorgeja Lorenza in šestega Danija Pedrose. S sedmega in osmega mesta bosta štartala dirkača tovarniške ekipe KTM Bradley Smith in Pol Espargaro. Na deveto mesto se je pripeljal razočarani Andrea Dovizioso, ki si je obetal boljšo uvrstitev. Kvalifikacije so se izjalovile tudi devetkratnemu svetovnemu prvaku Valentinu Rossiju, ki je imel številne težave in se je na koncu pripeljal le do dvanajstega mesta.
Besedilo MN, foto MICHELIN.